Im Jahr 1913 wurde die Zwinglikirche errichtet, da die Zahl der zugezogenen Reformierten in Weesen nach der Linthkorrektion stark angestiegen war. Die Architekten Schäfer und Risch aus Chur erhielten den Auftrag für den Bau. Die Grundsteinlegung erfolgte am 6. April 1913, und am 12. Oktober desselben Jahres wurde die Kirche ohne Glocken und Orgel eingeweiht. In den ersten Jahren stand lediglich ein Harmonium an der Fensterseite zur Verfügung.
Am 16. Mai 1915 wurden drei Glocken in der Kirche installiert, wobei die größte Glocke die Zwingliglocke mit dem Bild von Zwingli selbst war. Sie trägt die Aufschrift: "Zum Gedächtnis an den Aufenthalt des späteren Reformators Ulrich Zwingli als Knabe bei seinem Oheim Dekan Bartholomäus Zwingli ist dieses Gotteshaus Zwinglikirche genannt worden - Jetzt wollen wir das Wort Gottes selber hören."
Im Jahr 1970 erhielt die Kirche eine neue Orgel von der Firma Mathis in Näfels.
Im Jahr 2015 wurde der Kirchturm vollständig erneuert, wobei lediglich die Wetterfahne aus dem Jahr 1913 erhalten blieb.
Im Sommer 2016 unterzog man die Zwinglikirche einer umfassenden Renovierung, bei der auch der Innenanstrich erneuert und die Fenster saniert wurden.
